Réclamée depuis 1973 par certaines associations, la protection du Vallon de l'Aire est un projet mené conjointement par l'Etat de Genève et les communes d'Onex, Bernex, Confignon, Perly-Certoux et Plan-les-Ouates.
Sur le territoire communal, l'Aire a un aspect naturel (méandres et berges boisées). A l'amont du Pont-du-Centenaire, le premier tronçon de renaturation de ce cours d'eau, réalisé en deux étapes en 2002 et 2006, a permis de donner davantage de place à la rivière et de créer de nombreux milieux naturels.
Le site du Vallon de l'Aire mérite une préservation durable, mais cette protection ne doit pas aller à l'encontre de la population, les habitants devant pouvoir bénéficier de ce lieu comme un espace de délassement ouvert.
Extrait du Plan Directeur communal 2014
Le vallon du Rhône et celui de l'Aire sont des pénétrantes majeures de la commune et constituent des liaisons privilégiées entre la campagne et la ville.
Ces cours d'eau et massifs boisés ont un rôle écologique reconnu (réservoir de biodiversité, évacuation des eaux de surface) et offrent à la population un cadre de vie de qualité. Une attention constante doit être apportée pour que la fonction d'accueil de ces espaces soit compatible avec la protection de la nature.