L'organisation du territoire se fait à plusieurs niveaux:
Au niveau de la Confédération : l’Office fédéral du développement territorial (ARE) définit les grandes orientations d’aménagement.
Au niveau de l'agglomération : Le projet d'agglomération (Grand Genève) est organisé autour du Groupement de coopération transfrontalière (GLCT) qui assure la gouvernance du Grand Genève.
Au niveau cantonal : à Genève, c’est le Canton qui a les prérogatives pour l’organisation du territoire et la planification des projets d’aménagement, qui s'organise notamment par le Plan Directeur Cantonal 2030 (PDCn 2030).
Au niveau communal : à Genève, les prérogatives communales sont réduites. Le Plan Directeur communal de la Ville d'Onex a été revu en novembre 2014, et approuvé par le Canton en mars 2015. Onex s’investit pour faire valoir sa vision de proximité et son besoin de tendre vers un meilleur équilibre entre logements et activités, ainsi que de diversifier les types de logements.